Sejarah penyelenggaraan karantina kesehatan di Indonesia berawal dari ditetapkannya dua tempat pengkarantinaan utama yaitu pulau Onrust di teluk Jakarta dan Pulau Rubiah di Sabang Aceh untuk mengantisipasi wabah Pes (Black Death) yang sedang mewabah di dunia. Di kedua pulau tersebut didirikan Rumah Sakit Karantina pada zaman kolonial Belanda. Penanganan karantina dan kesehatan di pelabuhan saat itu dilaksanakan oleh Haven Arts (Dokter Pelabuhan) di bawah Haven Master (Syahbandar). Pada masa ke masa penyelenggaraan karantina kesehatan di Indonesia terus mengalami perkembangan – perkembangan, diawali dengan penetapan 5 pelabuhan karantina di Indonesia sebagai tonggak awal peran pemerintah RI pada kesehatan pelabuhan, kemudian lahir UU No. 1 tahun 1962 tentang Karantina Laut dan UU No. 2 tahun 1962 tentang Karantina Udara yang ditetapkan oleh Presiden Pertama RI pada tanggal 18 Januari 1962. Periode selanjutnya pemerintah Indonesia menetapkan Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut (DKPL) dan Dinas Kesehatan Pelabuhan Udara (DKPU), hingga kemudian menjadi Kantor Kesehatan Pelabuhan (KKP), dan berubah lagi menjadi Balai Kekarantinaan Kesehatan (BKK) seperti yang kita kenal saat ini.