UPT Bidang Kekarantinaan Kesehatan mempunyai tugas melaksanakan upaya cegah tangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan di wilayah kerjapelabuhan, bandar udara, dan pos lintas batas darat negara.

UPT Bidang Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Jayapura menyelenggarakan fungsi:

Penyusunan rencana, kegiatan, dan anggaran;
Pelaksanaan pengawasan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
Pelaksanaan pencegahan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
Pelaksanaan respons terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
Pelaksanaan pelayanan kesehatan pada kegawatdaruratan dan situasi khusus;
Pelaksanaan penindakan pelanggaran di bidang kekarantinaan kesehatan;
Pengelolaan data dan informasi di bidang kekarantinaan kesehatan;
Pelaksanaan jejaring, koordinasi, dan kerja sama di bidang kekarantinaan kesehatan;
Pelaksanaan bimbingan teknis di bidang kekarantinaan kesehatan;
Pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang kekarantinaan kesehatan; dan
Pelaksanaan urusan administrasi UPT Bidang Kekarantinaan Kesehatan.